几天后，杜周向汉武帝汇报道，当日在朝堂上宣称吃了灵芝肚子疼的几个官员和吾丘寿王往来甚密，而且最近常有来往。
听完汇报，汉武帝脸色很难看，沉声道：“去将吾丘寿王和那几个人全抓起来，问问他，为何要当面向朕撒谎。”
“是，陛下，臣即刻去办。”杜周没有丝毫情绪波动。
六月初七，经过杜周的连夜审问，吾丘寿王交代了故意陷害公孙卿的事实，并承认，他是嫉妒公孙卿才想出这个办法的。
按照吾丘寿王的计划，他已经联络了数十位官员，还不包括本就对公孙卿心怀不满的官员。
当吾丘寿王第一个提出灵芝有问题时，其他人跟进，然后指控公孙卿采集来的灵芝都是滥竽充数，有欺君之嫌，最终问成死罪。
吾丘寿王之所以想出这条毒计，是因为他之前嗅出了汉武帝对公孙卿的不满情绪。但就在此时，卫青的话促使汉武帝产生了微妙的变化，一些官员由此嗅出了风向，纷纷和卫青保持一致。
朝堂上，当汉武帝询问丞相石庆和御史大夫儿宽时，他们也没说灵芝有问题。至此，大局已定，很多人就此倒戈。
了解了事情的真相后，汉武帝勃然大怒：“放肆！竟敢在朕的眼皮子底下栽赃陷害，用心歹毒，罪大恶极，不杀之难消朕心头之恨。”
最终，吾丘寿王和那几个死党都被判处死刑。
灵芝案刚刚爆发时，公孙卿噤若寒蝉，有一种大祸临头的强烈预感。然而，短短几天之后，事情发生了神奇的逆转，让他欣喜若狂，又不明就里。
六月十二，汉武帝在万岁殿召见了公孙卿，一脸和善道：“总有一些宵小之徒妄图蒙蔽朕，但朕岂是糊涂之主？现在你该放心了吧？”
公孙卿感激涕零，哽咽道：“陛下如此信任，臣万死难以报答。”
汉武帝摆摆手，吩咐道：“从今以后，你也不用到处跑了，就在朕身边好好修行，等待神仙的降临。”
“是，陛下。”公孙卿早就厌恶了四处奔波，巴不得一直待在长安。
“如果在长安求仙，你觉得朕可以主动做点什么呢？”汉武帝仍然不想被动的等待。
公孙卿想了想，郑重道：“回陛下，神仙喜欢楼居，臣建议可以在长安修建几座高楼，或许可以吸引神仙前来。”
“好。”汉武帝思忖片刻，微笑道：“其实，朕也喜欢楼居。”
在公孙卿的建议下，汉武帝在长安修建了蜚廉和桂观，又在甘泉宫修建了益寿和延年观，使公孙卿持符节守候仙人的到来。
接着，又在甘泉宫陆续修建了通天茎台和甘泉前殿。至此，甘泉宫的规模日益扩大，汉武帝常在此居住，斋居打坐。
六月二十三，在打坐的斋房角落，汉武帝意外发现了九根灵芝。大喜之下，他宣布大赦天下。
一般来说，只有在皇帝登基或者册立皇后，以及对外作战大胜时才会大赦天下。