被迫拆分成了两个部分，
一部分独立出去作为新的文化部，仍旧由自来也担任部长。
而这，依然不是自来也身上担子最终的时候。
在木叶四十四年，他前往火之国都城会见大名的时候，
身上就背负了一个特殊使命，
即在火之都设立一明三暗共四个情报据点，
填充了大量已裁撤根部的原核心加暗部警务部精英，
由四代目火影的同学、自来也记名弟子，
另外一个世界被誉为行走巫女的一流间谍药师野乃宇负责统率，
机构之精悍强大，几乎和四代直属暗部不相上下。
他们的目的十分简单，
就是以火之都为核心，逐渐对整个火之国的疆域、人口、政治格局、经济状况等几乎所有状况和领域做出详细的勘察。
作为重中之重的火之都，更是有许多长线任务。
比如摸清上层权力架构，摸排大名掌握的军事力量及其掌握这些力量的方式，拉拢以及商业渗透部分贵族等等。
所有这些事情，都只为了一个目标，
就是在合适的时候完成蛇吞象，彻底废除大名制度。
木叶五十二年，
在大名逐渐意识到木叶的展脱离了他的掌控，意图使用经济手段逼迫木叶低头就范之后，
上原司命启动了这一后手。
一支忍军当即开赴并驻扎火之都，
在整个忍界的惊骇欲绝以及瞠目结舌中，
一如当年上位火影般，仅用时数日，便毫无波澜的将这个第一大国纳入了完全掌控。
几乎都没有生什么大的冲突，
平平静静，安安稳稳的，
军队、武士、守护忍，全部三缄其口不为所动，仿佛外界什么也没有生。
之后，木叶设立了一个新的机构，
名为木叶驻火之国特别理事处，
而原本计划中要负责这一切、也和大名有着亲属关系的千手纲手，
却突然现怀孕了，加之本人并不十分愿意参与进这些事情来，
于是，只好由自来也出任总理事大臣，以宰辅之职总领火之国全国一切军政要务，
并兼席军机大臣，兼守护十二士统领，兼全国兵马大元帅。
这一刻的自来也，说一句权势熏天也丝毫不为过，
火影参谋，光影委员，主宰整个火之国的总理。