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东京生爆炸案，藤原前去调查的时候遇到组织的疯子酒麦卡伦，双方不断交手却被后方人电击棍击晕。
随后被cia高层拷问，蒙着眼睛他也听出来对方的声音，因为没有经过cia的同意，擅自与fbi、公安合作。
然后藤原侑吐了一口血渍在高层脸上，并嘲讽：真的只是这些吗？这里没有别人，大胆点说出你真正想要问我的！大声点啊！这里没有其他人了……老师！
cia高层猛地一脚把藤原踹翻在地，逼问宫野夫妇的下落，他就是想要得到a药的人。藤原却抓住机会猛地咬住对方的耳朵，疯狂的表示：以牙还牙，怎么样？还要继续吗？
就在cia想要杀的时候，赤井秀一带着fbi冲进来解救藤原侑，并表示：对不起，我来晚了。（藤原侑被带走前留下了痕迹，被赤井找到。）藤原笑着表示：恭喜你啊，终于把人情还给我了。
说完就晕了过去。（在医院醒来后，cia高层致歉，同时接受了藤原递出的辞职信，并表示若想回来这里一直有你的位置。藤原则表示组织他还是会继续追查的，因为一切都还没结束，罪的开始就是组织。）
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黑铁的鱼影，爱尔兰与琴酒同归于尽。爱尔兰遗言：来生，我想和你做亲兄弟。
柯南和灰原哀接受保护，处于休学中。鹰司宗介的身份败露，贝尔摩德并不知道朗姆调查了他，结果导致自己作假保护雪莉被现，被o1ca（奥尔梅克）杀死，她才知道乌丸莲耶的意识体早就被o1ca（奥尔梅克）吞噬。
中枪后的贝尔摩德恰巧被闯进来的藤原侑等人看到，o1ca知道现在不是时候，选择离开。
贝尔摩德死前表示：我想葬在你母亲的墓旁，这是我最后的要求……可以吗？
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朗姆没想到o1ca居然敢杀贝尔摩德，他试图质疑才知道他一直在装瘸子。朗姆得知他的身份后，决定服从，并计划让苏格兰和波本杀死藤原侑。
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波本和苏格兰假装杀死了藤原，朗姆上当后被捕，导致组织已经没有什么人了。
最终，o1ca被最后可以用的人（朗姆）出卖，组织破灭。
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结局是藤原再次被人绑架，黑山羊带来的噩梦全部找回，并猜到对方是谁。
原来早就见过面，就是那个在高尔夫球场的工作人员渡边幸真，他的本名是橘幸真，是七大罪的领“傲慢”，也是橘英介（原着高尔夫球事件死掉的那位）的私生子。
亲生母亲是被qj才生下来他的，在美国出生遭到种族歧视后，母亲精神错乱对他不断殴打，在现母亲要抛弃自己的时候，选择杀死了自己的母亲。随后建立七大罪收容问题少年少女，喜欢把好吃的留到最后，所以想要最后杀死自己的父亲。
绑架藤原就是想让他看自己是怎么杀害自己父亲一家的，并质问藤原当年最后他为什么不选择生的机会。（橘幸真当时也参加了那场杀戮游戏，最后等待对方先跑的时候想要杀人的，却没想到藤原把生的机会给了自己，所以才放过了藤原，想要知道藤原怎样才会变成杀人犯。）
藤原到最后都没有动手，橘选择自杀。
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所有的事情解决之后，自然是幸福美满大结局。
嗯，结婚生子什么的。
差不多就这样吧。
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