整个追击战一直持续到了天黑下来，才算是正式结束，登岛的七千官兵，最终有五千余人选择了投降，另外有一千多人开战的时候，被海狼打死，只有区区三四百人，暂时逃入了山中。
对于这些残余的官兵，海狼也不去进山搜捕，因为这帮溃兵，进山的时候，连一粒粮食都没带，这时候又是冬天，山里面找不到任何吃的东西，用不了两天时间，这帮人就会饿的自己出来投降。
所以这一仗又是以海狼大获全胜而告终，南日岛上的官兵差不多在这一战之中，全军覆没，剩下的被解决也只是一个时间的问题了。
到了这个时候，海狼和官军之间的南日岛之战，也算是画上了一个完美的句号，只可惜的是作为官军主帅的俞咨皋，却最终还是逃掉了。
俞咨皋率领船队在和海狼舰队交手之后，被海狼的舰队打的是灰飞烟灭，最后仅仅率领了不足二十条船逃到了南日水道，顺风而下，朝着泉州方向逃去。
可是十几条海狼的飞字号快船，却依靠着船速快的优势，衔尾追及，很快便追上了俞咨皋。
俞咨皋率领残兵败将且战且退，后来眼看着他手下带的船只，一条接着一条的被海狼的船队干掉，心知想要逃回泉州是不可能了。
于是俞咨皋把心一横，干脆率众直奔岸边而去，将船冲滩停到岸边，然后率领残兵败将弃船上岸而逃。
于是整个留在南日岛的官军水师，在俞咨皋弃船上岸之后，也就宣告了彻底的覆灭，仅仅是有几十条张嘉策率领的船只，因为要回陆上运送给养，最终暂时逃脱了覆灭下场。
可是就在海狼部众们在南日岛欢呼庆祝的时候，于孝天却告诉他们了一个事情，他们才知道这一次的作战还远没有到结束的时候。
当官兵水师在南日岛全军覆没的消息传到正在巡抚衙门坐等消息的朱一冯耳中的时候，朱一冯当场便差点晕了过去。
在一天之前，他还在亲自提笔撰写给朝廷的奏捷奏章，准备大书特书一笔，这一次他派兵克复南日岛，不求有功但求无过，起码不让魏党找到他的毛病。
可是这奏捷的奏章今早才刚派人送出去，中午便接到了兴化府送来的俞咨皋的船队，在南日岛遭到海狼船队的进攻，全军覆没的消息。
这样突如其来的消息，几乎一下就把朱一冯给打蒙了，他几乎不敢相信自己的耳朵，接连问了报信之人三遍，才确定自己没有听错。
报信的是兴化府来的一个千总，他在兴化府那边，主要负责保护木兰溪口部的码头，一条官军的水师战船带着伤逃到了那里，将俞咨皋船队全军覆没的消息告知了他们，这帮兵将一听，下的是鸡飞狗跳，赶紧把消息通知兴化知府，兴化知府闻听更是大吃一惊，亲自审问了一番船上的官兵，这才确定消息不是假的。
于是顿时兴化府便乱成了一团，一时间不知该如何是好，赶紧便派人赶往福州向朱一冯禀报这个噩耗。
在兴化府做出反应的时候，俞咨皋带着二三百官兵残部，也逃到了兴化府，更加确定了这个消息。
整个在南日岛聚集起来的福建官军水师，在这一战之中，几乎全军尽墨，二百余条各式船只，最终逃走的仅仅不足十几条。
这一下陆上的官方更是慌作一团，赶紧命张嘉策加强对兴化府沿岸的防御，防备海狼携大胜之威，突袭兴化府。
朱一冯得知这个消息之后，有一种被打了一闷棍的感觉，他怎么也没有想到，海狼居然突然杀了个回马枪，在先放弃了南日岛之后，突然间又杀回南日岛，一举将官军水师歼灭在了南日岛一带。
那可是二百多条船呀！可以说是整个福建水师的精华，差不多全部都在南日岛，可是就一战下来，偌大的水师居然就这么灰飞烟灭了。