南京收复后，镇江的数千清军已经成了瓮中之鳖。
为了减少伤亡，楚军暂时对镇江围而不打，而是用各种方式开展攻心战，每天派俘虏喊话，展示各种缴获，用弓箭向城内射书，在城外的空地上立起免死旗，对绿营士兵进行策反。
得知南京已被明军占领，谭泰的主力也跑了，镇江城里的清军士气尽丧，绿营各部军心动荡，晚上不时有三五成群的绿营兵缒城而出，向楚军投降。八旗兵主将为了防止绿营兵整体哗变，只好打散他们的编制，和八旗兵混在一起守城，以便直接监视，但这样一来部队的战斗力更是直线下降。
围城的楚军不紧不慢地打造攻城器械，又挖出里外两条巨大的壕沟，配上胸墙堡寨等防御工事，把镇江围得水泄不通。郑家水师调来几艘拥有二十四磅主炮的巨舰，从长江上轰击镇江北侧的城墙，清军也用大炮还击，双方的炮战来来回回持续不断。
这个年代都是木头战船，挨上一颗炮弹就是重伤，郑家水师的战船不敢过于接近城墙，好在他们的大炮射程足够远，镇江城墙的目标也足够大，躲得远远的开炮大概也有三成左右的命中率，清军的炮弹却很难打中他们，在这场炮战中首先立于不败之地……但是凡事有利必有弊，由于郑家水师的战舰离得太远，对城墙的破坏程度相对有限，二十四磅炮重达数千斤，郑家水师最大的战船上也只在船头装一门这样的主炮，总体数量太少，不可能一下子轰塌镇江城墙。
郑成功也不着急，就用这几门二十四磅炮慢慢打，由于镇江早晚可下，打出去的炮弹大部分可以回收，郑家水师就土豪了一把，每天从早到晚炮击不停，清军的炮弹却多半落到长江中，连着对射几天后渐渐顶不住消耗，为了节省弹药轻易不再开炮……郑家水师掌握了主动权，炮击的准确度明显提高，在似慢实快的持续炮击下，镇江北侧临江的城墙被打得破破烂烂，千疮百孔，城门也中了两颗炮弹，从破洞中可以看到里面的瓮城。清军没有别的办法，只能不停的进行修缮，在城墙破损严重的地方打补丁，咬着牙苦苦坚持。
这样的战斗枯燥而单调，城内的清军一直承受着巨大的压力，楚军和郑家水师却从容自如，并不急于发起总攻。镇江现在就像一个已经熟透的果子，随时可能掉下来，犯不着让战船和士兵冒险。
……
在楚军高级将领中，关于军制改革的讨论渐渐趋于结束，一部分人虽然有这样那样的意见，但在大势所趋之下，也对汪克凡提出的方案表示坚决拥护。
这次军制改革的难点，关键在于打破兵为将有的封建军阀模式，肯定会触动一部分人的利益，所以汪克凡非常谨慎，从湖广会战结束后就开始布局，前后用了一年时间进行准备，打赢宁镇会战后，他的威信达到一个前所未有的高峰，楚军内部的凝聚力也正是最强的时候，正是动刀子做手术的最佳时机。
改变兵为将有的模式，可以防止楚军内部军阀化，加强汪克凡对这支军队的控制能力，最直接的象征就是实现中高级军官的对调，由汪克凡完全控制中高级军官的任免权，老八营可以由闯营将领担任主将，闯营也可以有老八营的军官，这支军队只属于汪克凡和整个楚勋集团，没有哪个将领可以长期把持一支部队……当然了，这是一个循序渐进的过程，一下子来个乾坤大挪移会引发混乱，汪克凡这次基本上没有动各部的主将，只打算调整一部分副职和中级将领，并对闯营再次进行改编，使他们完全融入楚军。
在楚军内部，闯营相对较为独立，和老八营之间泾渭分明，一年前才刚刚加入楚军，身上还有以前大顺军的影子，必须进行改编。汪克凡那个时候刚刚掌握湖广一省，楚军老八营也只有四五万人马，收编闯营其实有点蛇吞象的感觉，一下子消化不了，有两三万闯营将士一直由李过自己养着，另外拖家带口的还有几万家属需要安置，汪克凡拿下江南三省之后，这些问题就可以迎刃而解。
除此之外，参谋、后勤、军法、情报等部门都要做出调整和加强，根据楚军发展的需要，还要设立一些新的单位，增加大量的文职军官，建立内部流畅的流程，把楚军逐步改造成一部高效运转的战争机器。这里面的工作更多，不可能一蹴而就，汪克凡只能先把大致的架子搭起来，然后再一点点充实内容。
收复南京后的第七天，楚军内部发出一份重量级的总结报告，对东征以来出现的各种问题进行整理，并提出点名批评。这份报告出自参谋部和李云聪等人的手笔，最后却是用汪克凡的名义发出来的，分量很重。
紧接着，汪克凡以邓斌案为突破口，雷厉风行的开始整肃军纪，范围覆盖东征明军各部，金声桓、郑成功、傅鼎铨和陈邦傅、焦琏这样的武将都没有放过，对楚军内部也毫不手软，凡是违犯军纪的都从严处置，全军通报。
一打一大片！
邓斌是万元吉的心腹爱将，汪克凡拿他开刀，第一次动用了隆武帝授予他的尚方宝剑，将邓斌斩首示众。消息传开，普通百姓无不摆手称快，却有很多士绅官员在看万元吉的笑话，作为堂堂的闽赣总督，手下却闹出这么大的丑闻，脸都被汪克凡打肿了，还有可能因为受到牵连，变成第二个杨廷麟……万元吉听说此事之后，却大大的松了一口气，汪克凡既然斩了邓斌，杀良冒功的案子就死无对证，对他这个闽赣总督的威胁自然消失，很明显，这也是汪克凡准备妥协的象征，如果真的和隆武帝撕破脸对他也没什么好处，不如见好就收。
郑成功、金声桓的军队也在整顿范围之内，万元吉并不感到意外。
在这次瓜分胜利果实的斗争中，武勋集团联合起来取得了胜利，但是他们内部也存在一个如何分赃的问题，因为分赃不均，一个阵营的同伴转眼就变成了生死仇敌，这种事情屡见不鲜，实在太多了……汪克凡费尽力气，从隆武帝这里拿到了他想到的东西，当然不愿再分给别人一大块。整肃军纪，只是在敲打郑成功和金声桓。
金声桓因为这件事，也憋了一肚子的气。
“娘的，老子拼死拼活的卖命，汪老四倒来找我的麻烦，打起仗来都是提着脑袋拼命，二郎们犯些过失也难怪嘛，要都这么较真，哪还有活路？”金声桓啪的一声，重重拍在桌子上，骂完汪克凡又拐回来骂王得仁：“王杂毛也是贼性不改，乱七八糟的哪像个带兵大将的样子。这下好了，被汪老四抓住小辫子了，人家要打要罚都没法说理，只能自己扒掉裤子等着挨揍！”
“大帅何必动怒，这件事怪不得王帅的。”幕僚吴尊周轻摇折扇，微笑说道：“大帅麾下数万大军鏖兵血战，前后几个月，纵横两省千里之际，汪军门只要有意挑理，违犯军纪的事情自然是数不胜数。”
“着啊！先生这句话算是说到点子上了，汪克凡就是有意挑理，有意找茬！”金声桓骂道：“他奶奶的，汪老四眼看要当北伐提督了，要不是我老金讲义气，够朋友，拼着两肋插刀一个劲的帮他，他能有今天这么风光？转过头来就对本国公下手，真是忘恩负义的白眼狼！”
“嗨，如今人心不古，谁还能像大帅这样仁义？汪军门初定江南，以后免不了要和大帅打交道，他整肃军纪不过是借题发挥，逼着大帅向他低头示弱罢了。”吴尊周手捻胡须，深邃的目光望着墙上的一幅上山虎挂轴，悠悠说道：“汪军门手段高强，当今圣上也要甘拜下风，日后的前程不可限量，如鲲鹏展翅而直上九霄，大帅何不借其力，随其势，亦能一展平生之志，些许的小小忍让，都不用太过计较。”
“这个，还是从长计议的好。”金声桓用力揉着额头，犹豫不决地说道：“大家不是一路人，硬往一起凑恐怕没有好结果，说实话，我这些年还轻易没有服过谁，但汪老四不愧是喝墨水长大的，玩起心思来不亚于那些文官，我怕在他手底下吃亏。”
大家做个互相帮助的盟友就很好，真要加入汪克凡的阵营，金声桓不愿意。
“大帅误会了。”吴尊周笑道：“我只是让大帅借力汪军门，不是依附与他，大帅不日就将调防江南，理应受其节制，若把大帅换做汪克凡，初领江南三省之时，又岂能不敲山震虎？”
“明白，你就是让我磕头服软呗，行啊，汪克凡要立威，我就给他当一回孙子，不过陛下那份密旨又该如何回奏？”金声桓前几天刚刚收到隆武帝的一份旨意，没有什么实质性的内容，只是对他大加褒赏，多有鼓励和劝勉，又针对江南和整个战局询问金声桓的意见，试探和拉拢的味道很浓。
吴尊周淡淡一笑：“该怎么回就怎么回。陛下对大帅圣眷日隆，大帅也应肝脑涂地以报……”
接下来的几天里，按照汪克凡的命令，金声桓、郑成功等人都开始在自己的部队里整顿军纪，从严，从重，从快，明军各部的军容风纪为之一肃，一时间真称得上秋毫无犯，深得百姓士绅的称赞。
东征基本上已经结束，汪克凡的东征提督随时会卸任，金声桓和郑成功这么做，等于仍然承认汪克凡是老大，以后仍会服从他的命令。
陈邦傅也表现的非常积极，他上次去南京拜祭孝陵的时候，心里十五个吊桶打水，七上八下的，以为汪克凡肯定不会放过他，没想到最后却是有惊无险，平安过关。后来汪克凡和文官们发生冲突，陈邦傅又站在文官一边，再次把汪克凡得罪了，眼看文官稀里哗啦败下阵来，他在追悔莫及之余，更是心惊肉跳，生怕汪克凡一道钧令下来，把他捉到南京任意处置。
这次整顿军纪，汪克凡请尚方宝剑砍了邓斌的脑袋，仍然没有动陈邦傅，陈邦傅暗叫侥幸之余，赶紧落实整顿军纪，希望能尽快渡过这场风波，平安过关。
焦琏接到整顿军纪的命令后，却没有立刻执行，而是直接找到汪克凡，要求率部加入楚军。
“末将身为武将，最佩服关老爷和岳爷爷，一直盼着把鞑子杀到关外，可是阳朔驻地偏处广西，得不着为国立功的机会，我和几位兄弟商量了一下，都愿追随汪军门渡江北伐，还请军门成全。”一场宁镇会战打下来，焦琏的阳朔兵经过血与火的洗礼，发生了脱胎换骨的变化，他们希望能够成为楚军那样的强军，能够驰骋疆场，建功立业，不再碌碌无为，不辜负男儿志向。
“好啊，广西自古出精兵，阳朔兵在宁镇会战里打得不错，大家提起来都竖大拇指，你们原因加入楚军，我当然双手欢迎。”汪克凡笑着说道：“不过楚军正在改编，部队的编制都要打散，如果把你的阳朔兵也打散，由别的军将来带，你们原因吗？”
焦琏一愣，迟疑着问道：“一定要打散么？”
汪克凡点点头：“大势所趋，肯定要打散。这件事不要着急，你可以和部下好好商量一下，再到楚军里看一看，将来会改成个什么样子，你们再做决定。”
楚军除了改编之外，也要大力进行扩编，焦琏本人是一员难得的良将，手下的部队也是可战之兵，汪克凡当然愿意收编他们，但是这次军制改革非常敏感，如果对焦琏所部特殊照顾，闯营和老八营的工作就不好做，干脆一步到位，让阳朔兵也参加改编。