经过一番打听和证实，发现太子等人均没在乱军之中后，南京六部官员经过一番激烈的讨论，决定拥立一位朱家藩王为帝。
有了新的皇帝才能复兴大明，收拾破碎山河，继而挥师北上，平灭流寇，驱逐满清，收复京师。
当然，该立谁当皇帝又是一个巨大的争议，按照“皇明祖训”的规定，立太子是按照：“有嫡立嫡，无嫡立长”的原则。
这个人选自然是从崇祯帝以上追寻，崇祯皇帝虽然公有七个孩子。
但太子朱慈烺在农军军进京的时候已经被俘，虽然被李自成封了王，可此时早已不知所踪。
朱慈炯、朱慈照，朱慈焕也在甲申之变中下落不明。
此外还有怀隐王朱慈烜、悼怀王住慈灿，悼良王皆早殇。
熹宗皇帝又无后，而光宗除了熹宗、思宗外还有简怀王朱由、齐思王朱由楫，湘怀王朱由栩，惠昭王朱由橏，皆夭折。
于是作为神宗章子的光宗其一脉已无人继大位，神宗次子朱常溆刚出生便已死。
第三子福恭王朱常洵虽已在农民军攻洛阳时被杀，但庶长子朱由崧却还在，此外神宗还有第五子瑞王朱常浩、第六子朱惠王常润、第七子桂王朱常瀛，但众王之中以朱常洵居长，于是按照继位原则，福王为第一顺位。
（）;（） 这位万历三十五年七月乙巳生于福王京邸的藩王，于万历四十二年随福王朱常洵就藩于洛阳，此后又在万历四十八年七月甲辰封德昌王，后进封福王世子。
崇祯十四年正月，李自成陷洛阳，其父福王朱常洵缒城而出，藏匿于迎恩寺，后被搜出，于是被杀。
而朱由崧缒城后，却得以逃脱，前往怀庆避难，崇祯十六年五月袭封福王。
崇祯帝手择宫中玉带，遣内使赐之。崇祯十七年正月，农民军东征，怀庆闻警，于是继承福王之位没多久的朱由崧便是匆匆逃亡卫辉，投奔潞王朱常涝。
三月初四卫辉闻警，朱由崧随潞王逃往淮安，与南逃的周王、崇王等一同寓居于湖嘴舟中。三月十一日周王朱恭枵薨于舟上，三月十八日福王上岸。住在杜光绍园中。三月二十九日，京师沦陷消息传至淮安。
南京诸臣皆认为国家不可一日无君，议立新帝，朱由崧显然是最合适的选择。
可是这个时候，大明朝中党派争端再次显示出了惊人的实力，钱谦益等东林党人由于之前的“国本之争”而心存芥蒂，唯恐朱由崧即位后追究昔日东林党人攻讦郑贵妃之事，故而以立贤为名，拥立穆宗朱载垕第四子朱翊镠之子潞王朱常淓。
朱翊镠与神宗同母，都是生母孝定太后李氏。隆庆四年，仅两岁的朱翊镠受封潞王。
此后，其居京师20年，受尽恩宠。史载，神宗皇帝对自己的这个弟弟颇为宠信，曾赐其田地万顷。万历十七年，已经22岁的朱翊镠就藩卫辉府。在藩二十六年。
万历四十二年孝定太后薨，丧报传到卫辉，朱翊镠悲痛不已，不久亦死，年47，谥号“简”。
其死后，崇祯十七年二月二日，闯军刘芳亮攻占怀庆府，随即卫辉，潞王府危在旦夕时，二月十九日。
朱常涝与福王朱由崧一同逃往淮安。此外，南京兵部尚书史可法则主张既要立贤也要立亲，于是拥立神宗七子桂王朱常瀛。
这位王爷最初封衡州，于天启七年九月二十六就藩。崇祯