一、早年经历
祖大寿的早期军事生涯始于其继承父亲祖承训的职位。万历三十一年（16o3年），随着祖承训因年迈而退出前线，祖大寿作为长子，自然而然地继承了宁远卫指挥佥事的职务，这标志着他正式步入了明朝的军事体系，开始了他长达半个世纪的戎马生涯。
万历三十七年（16o9年），祖大寿的军事才能得到了辽东巡按熊廷弼的赏识。熊廷弼是一位颇具影响力的军事官员，他对祖大寿的推荐直接导致后者升任懿路备御，这不仅提升了祖大寿在军队中的地位，也预示着他在未来战争中的重要角色。
然而，祖大寿的仕途并非一帆风顺。万历四十年（1612年），当祖大寿担任宁远中右所（沙后所）游击时，遭遇了一次严重的军事挫折。那年的十一月，蒙古朵颜部的领蟒金儿率部突然袭击了明军管辖下的曹庄，造成了一场惨烈的战斗。在这场突如其来的袭击中，蒙古骑兵迅掠夺了大量的人口和牲畜，明军猝不及防，22o多名士兵阵亡。
事件生时，祖大寿正在附近打猎，未能及时做出反应，这被视为严重失职。根据明朝的军法，临阵先退是极其严重的罪行，通常会被判处死刑。兵部据此提出，应当按照临阵先退的律法对祖大寿进行严惩，即将其斩。然而，这一判决并未立即执行，而是等待了两年半的时间，直到万历四十一年（1613年）的下半年，明神宗才下达了具体的处决命令，但最终是否执行，或者祖大寿如何逃脱了这一命运，历史记录中并没有详细的说明。
二、初抗后金
在明朝与后金的初战中，祖大寿扮演了至关重要的角色。万历四十六年（1618年），努尔哈赤次挥师南下，侵犯辽东，祖大寿随即被杨镐调动，前往清河、抚顺一带加强防御。两年后，他晋升为靖夷营游击，在辽东经略熊廷弼的指挥下，开始正面迎战后金的挑战。
万历四十八年（162o年）六月，后金对白官人屯起攻击，祖大寿率部奋力抵抗，但因指挥上的疏漏，被熊廷弼认为“提撕不严”，遭受了四十军棍的体罚，并在辽东巡按陈王庭的参奏下遭到革职，但仍被命令戴罪立功，驻守浑河南岸。熊廷弼的这一举动，实则是出于政治考量，用以平息朝廷中言官的批评声浪。八月，祖大寿在得知后金再次进犯的消息后，主动出击，在浑河北岸的灰山与敌军交锋，成功将其击退，展示了其卓越的军事才能和坚定的抗敌决心。
到了十月，熊廷弼在离任之际，回顾了过去两年多的战事，对祖大寿的战绩给予了高度评价，指出他亲手斩杀后金军级多达三十余颗，积极向朝廷请愿，要求恢复祖大寿的职务。然而，命运的转折点生在天启元年（1621年）三月，辽沈相继失陷，祖大寿侥幸脱险，撤退至辽西，同年九月，他被升任为参将，接替因病离职的尤世禄，负责管理辽东巡抚王化贞的中军事务，成为了王化贞亲信之一。
然而，真正的考验出现在天启二年（1622年）正月，后金大军压境，目标直指辽西广宁。祖大寿与孙得功受命前往救援西平堡，但在平阳桥遭遇后金主力，孙得功临阵叛变，明军陷入混乱，大败而逃。祖大寿率领仅存的六七百人（也有说法为八百多人）逃往觉华岛，这个岛屿因其家族产业而对他有着特殊的意义。此时，祖大寿的外甥白臂正在蒙古拱兔部落中服务，他一度考虑投靠蒙古部落以求庇护。
监军御史方震孺意识到祖大寿若降后金，将对山海关构成极大威胁，于是紧急行动，通过祖大寿的女婿吴良辅与他取得联系，展开招抚工作。祖大寿闻讯后，悲痛欲绝，最终决定归顺明朝，将家眷和一千五百名难民送至安全地带山海关，但自己选择留守觉华岛。辽东经略王在晋继任后，通过与祖大寿关系密切的阎鸣泰进一步实施招安计划，最终安排祖大寿与水师参将金冠共同守卫觉华岛，稳定了这一战略要地，也为后续的抗金行动奠定了基础。
三、驻守宁远
在明末的边疆防线上，宁远城成为了抵御后金侵扰的关键堡垒。天启三年（16年），督师辅臣孙承宗派遣祖大寿带领觉华岛的七百士兵至宁远，招募当地辽人加入军伍，以增强边防力量。祖大寿在此地的任务不仅是扩军，还包括参与城池的建设。起初，由于对朝廷坚守宁远的决心持有怀疑，祖大寿在城墙的建设中并未严格按照标准施工，导致城墙尺寸缩小。孙承宗察觉后，制定了一套更为严格的城建规范，确保了宁远城的坚固，最终在天启四年（1624年）三月，一座坚不可摧的宁远城屹立于边疆之上。
祖大寿在宁远的驻守过程中，曾有一次因未遵从孙承宗的命令出塞招抚蒙古各部而差点面临军法处置。然而，这次事件在宁前道袁崇焕的求情下得以化解，从此祖大寿对袁崇焕心怀感激，这份恩情在之后的岁月中挥了重要作用。实际上，孙承宗此举更多是一种策略性的警告，而非真心要惩处祖大寿，这也体现了当时高层将领在管理下属时的智慧与手腕。
天启六年（1626年），宁远城迎来了它的次严峻考验。努尔哈赤亲自率军攻打宁远，祖大寿在袁崇焕的指挥下，参与了这场保卫战。他准确地判断出明军不宜与后金军在野外正面交锋，主张采取固守城池的战略，这一建议得到了多数将领的支持，并最终被袁崇焕采纳。在宁远之战中，祖大寿负责守卫南城，凭借坚固的防御工事和有效的火力配置，明军成功击退了后金的进攻，取得了宁远大捷。这场胜利极大地提升了明军的士气，也稳固了宁远作为东北边防重镇的地位。
翌年五月，皇太极再度率军来袭，目标转向锦州。袁崇焕迅调遣祖大寿与尤世禄，率领四千精兵驰援锦州。尽管在途中遭遇后金大军，被迫撤回宁远，但祖大寿与满桂领导的明军在宁远城外再次与后金军展开激战，最终迫使后金军撤退，成就了宁锦大捷。这些胜利不仅巩固了关宁锦防线，也为祖大寿赢得了崇高的荣誉和晋升，他先后获得了升职和奖赏。
崇祯元年（1628年），皇太极试图通过书信与明廷沟通，祖大寿对此保持警惕，将信件上报朝廷，展现了他对于国家安全的高度责任感。同年内，他被调任为前锋总兵官，挂征虏前将军印，驻守在关宁锦防线的最前沿——锦州，成为抵御后金、收复辽东的重要力量。
四、回援关内
己巳之变（1629年）的生，标志着后金对明朝腹地的直接威胁达到了一个新的高度。当皇太极率军绕过宁锦防线，从蓟州边外突入长城以内，直逼北京，整个明朝朝野为之震动。在这危急时刻，袁崇焕与祖大寿迅做出反应，率领关宁军驰援京城。祖大寿建议直接奔向蓟州，以保护北京，这一策略得到了袁崇焕的认可。随后，祖大寿在广渠门外与后金军展开了激烈的战斗，成功将其击退，展现了关宁军的强大战斗力。
然而，正当战事稍有缓和之时，一场政坛风暴悄然降临。在与崇祯帝的第二次召见中，袁崇焕突然被捕，这一突事件令在场的祖大寿感到震惊和恐慌。随后，祖大寿与何可纲率领一万五千名关宁军东返，名义上是出关作战，实则因对朝廷的不满和对袁崇焕命运的担忧而返回关外。这一举动引了朝廷的忧虑，新任督师孙承宗派遣总兵马世龙带着圣旨和尚方剑前来劝说，祖大寿提出了自己的条件，要求赦免袁崇焕、惩治奸臣并补给军饷，否则拒绝返回。在经历了妻子或母亲的劝告、袁崇焕狱中书信的激励以及马世龙的招抚后，祖大寿最终接旨，于十二月十八日抵达锦州，约定领兵西援。
崇祯三年（163o年），在孙承宗的盛情迎接下，祖大寿率军进入山海关，准备再次投入战斗。面对后金的挑衅，祖大寿斩使焚书，坚决拒绝了后金的和谈企图，展现了他不屈的斗志。在孛罗岭的激战中，祖大寿麾下的将领们再次击败了后金军，为关宁军赢得了关内军民的信任。随后，崇祯帝帑银犒师，升祖大寿为太子太保，孙承宗更以“壮烈忠肝”四字制成金匾，悬挂在祖大寿的厅堂之上，以表彰他的功绩。
在经过充分的准备后，孙承宗命令祖大寿出兵收复被后金占领的遵化、永平、迁安、滦州四城。五月，祖大寿誓师出征，与多位总兵会师于滦州城下，经过激战，明军终于在五月十二日取得了胜利，后金军在大雨中溃逃，明军趁机追击，斩众多，取得了遵永大捷。阿敏在得知明军收复滦州后，匆忙撤离永平、迁安，祖大寿与马世龙奉命追击，各斩级99颗，彻底收复了四城。这场胜利不仅重创了后金的士气，也极大提升了明军的信心。
随后，崇祯帝对祖大寿的表现给予了高度肯定，加封他为少傅，允许他以提督体统行事，并恩准其子为锦衣卫指挥同知。同年十二月，祖大寿在军政考核中因“素着劳勋，正资防剿”而被留任辽东前锋总兵官，不得辞职。
五、大凌降金
崇祯四年（1631年），祖大寿的命运迎来了一次重大转折。彼时，明廷计划恢复广宁右屯卫，祖大寿奉命前往大凌河城主持筑城工程，旨在为收复失地奠定基础。然而，这一举动引起了皇太极的警觉，他迅集结兵力，于七月二十一日出，直扑大凌河城。八月初六日，后金大军到达城下，现筑城工程进展迅，城墙已基本完成，雉堞亦完成了半数。祖大寿及其麾下将士，共计约两万余人，被困城中。
皇太极采取了围而不攻的策略，同时切断了大凌河城与外界的联系，阻止了锦州方向明军的救援。在围城期间，皇太极多次致书祖大寿，尝试以各种方式劝降，但祖大寿始终坚守城池，未有动摇。直到九月十九日，皇太极设计诱使祖大寿出城，结果明军被伏击，伤亡惨重，自此祖大寿再未敢轻易出战。